ERP系统已经成为现代企业的经营模式，反映了时代对资源布局合理、社会财富创造最大化的要求，已成为信息时代公司生存和发展趋势的基础。但是由于我国使用EPR系统的时间还很短，ERP系统的使用过程中不可避免的会出现一些问题，具体如下：

1、产品和技术的建立尚不完善

每个公司对ERP系统的功能需求不一样，这就导致ERP的系统的功能选项不甚合理。但ERP系统的功能又包罗万象，每个企业想要的功能它几乎都包括，广度够，但精度不足。新兴的ERP系统缺乏系统的安全保护措施，会造成企业机密的流失。每个企业的业务都会随着公司的发展而逐渐拓展，但是相关的企业ERP系统功能却不能随之拓展。ERP系统目前的操作十分复杂，必须要专业人员进行操作，不能进行普及。

2、对ERP系统认识不明确

由于ERP系统是由国外最新引进的管理系统，国内企业管理者对其认识有限。他们认为ERP系统的功效一蹴而就，装上ERP系统就可以提高企业的管理，其实ERP的实施是一个长期的工程，而且在使用ERP的过程中还需要自己进行企业信息化的过程。

3、企业管理基础薄弱

ERP这种新型的管理软件，其运行的主要手段是IT系统，但是有些企业整体的TI运用技能水平很低，这就造成了企业难以运用ERP系统进行管理。一些企业尚属新建，其规章制度还未完善，业务流程混乱，这是造成ERP系统在企业中运用的主要障碍。运用ERP系统重点是要对企业的各类资源进行管理，但是有些企业对数据管理工作很轻视，而且缺各个环节中的清晰的资源编码，因此，这是阻碍ERP在企业中有效运行的另一个阻碍。

4、项目管理不完善

项目管理不完善的情况也分成很多方面。例如，在一个项目实施的过程中，必须明确的区分员工内部的职责，若职责混乱，想要顺利的实施ERP系统是不可能的。除此之外，参与实施ERP系统的员工必须对当前项目所在行业有着充分的理解，并且业务知识踏实，否则也无法进行ERP系统管理。若一个项目从一开始就决定使用ERP系统进行管理，那么参与项目的人员必须从始至终都遵守ERP系统的管理，不能半途而废，否则ERP系统的实施也会不尽如人意。